Tal y como establecen sus estatutos, la Asociación Herpetológica Española promueve proyectos de investigación en el ámbito de la herpetología, tanto en lo que se refiere a estudios sobre especies de reptiles y anfibios, como en lo referente a la conservación de las especies y de sus hábitats. En este contexto, durante los últimos años la A.H.E. ha desarrollado los siguientes proyectos:

Mortalidad de anfibios y reptiles en carreteras. Desarrollado en colaboración con la CODA (Coordinadora de Organizaciones de Defensa Ambiental). 1991-1992.

Anfibios y Reptiles de particular interés en Europa. 1993.

Proyecto realizado por encargo de la ONU en el marco de su Programa de las Naciones Unidas para el Medio Ambiente.

Inventario de las masas de agua de interés herpetológico. Desarrollado en colaboración con la CODA. 1994.

Inventario de las áreas importantes para los anfibios y reptiles de España. 1994. Proyecto contratado con ICONA (actual Dirección General para la Conservación de la Naturaleza, Ministerio de Medio Ambiente).

Plan de recuperación del lagarto gigante de El Hierro (Gallotia simonyi). 1994-1996.

Contrato Life (Unión Europea, DG XI) nº B-4-3200/94/743.

Distribución de los Anfibios y Reptiles e inventario de sus principales áreas de interés. 1995-1996. Proyecto financiado por la Dirección General para la Conservación de la Naturaleza, Ministerio de Medio Ambiente.

Asesoramiento técnico en la ejecución y redacción del Document Técnic de Conservació nº 1 (IIª época) editado por el Govern Balear (Conselleria de Medi Ambient, Ordenació del Territori i Litoral), titulado: La recuperación del Ferreret (Alytes muletensis). 1997.

Plan de reintroducción del lagarto gigante de El Hierro en su antiguo hábitat natural, y proyecto de apoyo a la conservación de Caretta caretta y Tursiops truncatus (lagarto gigante y tortuga boba), en Canarias. 30/11/98 - 30/11/2000. 12.04.442A640.00., Proyecto 98.612602 "Proyectos Life".

Convenio específico entre la Asociación Herpetológica Española (AHE) y la Consejería de Medio Ambiente de la Junta de Castilla y León para la realización de estudios herpetológicos en Castilla y León. 1999-2001.

Devolución a Marruecos de tortugas moras de origen marroquí procedentes del trafico ilegal de esta especie. En colaboración con la Junta de Andalucía. 2000-2001.

Atlas y libro rojo de los anfibios y reptiles españoles. Convenio con la Dirección General para la Conservación de la Naturaleza para el cartografiado de las especies de anfibios y reptiles del territorio español. 2000-2002.

Protocolo de colaboración entre la Consejería de Política Territorial y Medio Ambiente del Gobierno de Canarias y la Asociación Herpetológica Española para la conservación del lagarto gigante de La Gomera. 2000-2003.

Plan de recuperación del lagarto gigante de El Hierro: plan anual de actuación. Convenio con la Viceconsejería de Medio Ambiente del Gobierno de Canarias. 2001.

Distribucion y estado de conservación de la lisneja en Lanzarote y Fuerteventura. Convenio con la Viceconsejería de Medio Ambiente del Gobierno de Canarias. 2001.

Programa de marcado y conservación de tortugas marinas. Convenio con el Ministerio de Medio Ambiente a través de la Dirección General para la Conservación de la Naturaleza.

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