Los anfibios y reptiles españoles se encuentran actualmente muy amenazados (hasta un 30% de las especies de anfibios y un 23% de las de reptiles están en alguna categoría de amenaza, según el correspondiente Libro Rojo elaborado por el MARM y la AHE en 2004). Las alteraciones de su hábitat natural, junto a los efectos del cambio climático son importantes factores de amenaza para estos grupos de vertebrados.
El sistema de seguimiento tiene por objeto obtener una imagen anual de las tendencias del mayor número de especies posible, junto con tendencias conjuntas, agrupando especies según afinidades (ecológicas, geográficas, etc). De este modo, es posible conocer el estado de conservación y detectar los factores que amenazan a nuestra biodiversidad. Todo ello se encuentra al servicio de evitar y revertir su pérdida. Resulta importante resaltar que las tenencias obtenidas con estos sistemas de seguimiento constituyen indicadores que nutrirán el Sistema de Indicadores que crea la Ley 42/2007, del Patrimonio Natural y de la Biodiversidad, y que la propia ley vincula al Inventario Estatal del Patrimonio Natural y de la Biodiversidad.
Como siempre que comienza un sistema de seguimiento, deberán pasar todavía unos años para poder determinar cuales son las tendencias de los anfibios y reptiles en España. Como el primer paso para la conservación es el conocimiento, a través de estos sistemas de seguimiento obtendremos el necesario para posibilitar la posterior aplicación de las medidas que sean precisas.